Genomic alterations in the RB pathway indicate prognostic outcomes of early-stage lung adenocarcinoma
본 연구실에서는 암 환자의 whole-genome sequencing, whole-exome sequencing 등의 데이터를 활용하여 암을 유발하는 돌연변이를 찾는 연구를 수행하고 있으며, 최근에는 세계 최대 규모의 폐암 유전체 연구를 성공적으로 완수한 바 있다. 초기 폐암에서의 유전체 변이가 환자 예후에 미치는 영향을 대규모 유전체 연구를 통해 분석한 결과, 같은 초기 폐암이라도 RB pathway 상의 유전자가 망가진 환자의 경우 그렇지 않은 환자에 비해 예후가 크게 나쁘다는 사실을 밝혀냈다. 본 연구는 RB pathway가 초기 폐암의 진단 marker로서 유용할 수 있음을 제시했으며, 폐암 맞춤형 치료 방법의 완성에도 일조할 수 있을 것으로 기대된다.
(Global mutational landscape of the 170 lung adenocarcinoma patients (Choi et al. 2015))
WGS-based SNV/small indel discovery and analysis pipeline
Single nucleotide variants (SNV)와 small insertions/deletions (Indel)은 다양한 질병의 주요 원인이다. SNV와 indel을 정확히 발굴 하는 것은 유전체 연구 분야의 핵심 분석으로서 오랫동안 다양한 질병에서 연구가 이루어 지고 있다. 그러나, SNV와 indel을 발굴하는 다양한 방법론들이 개발되었음에도 불구하고 그 표준화가 미흡하여 분석 결과를 통합하는데 어려움이 존재한다. 현재 우리 연구실에서는 여러 가지 SNV/small indel 발굴 파이프라인을 표준화하고, genome 상의 variant를 보다 정확히 발굴할 수 있는 tool을 개발하고 있다.
(Flowchart for discovery of SNV and small indel)
Developement of accurate somatic variation detection tool
본 연구실에서는 암 유전체 연구 분야의 가장 큰 난제로 남아있는 유전체 변이 발굴 기법을 개발하기 위해 노력하고 있다. 현재 Mutect 등의 유전체 변이 발굴 프로그램들이 개발되어 있지만, 그 정확도는 아직 미흡한 편이다. 본 연구실에서는 기존에 사용되고 있는 소프트웨어의 알고리즘을 개선하여 더 향상된 정확도로 유전체 변이를 발굴할 수 있는 자체 소프트웨어를 개발하고 있다.
(Schematic outline of somatic variant callling, plot by Dr. Yongdeuk Hwang)
References
1. Choi, S., Kim, H. R., Sung, C. O., Kim, J., Kim, S., Ahn, S. M., ... Baek, D. & Jang, S. J. Genomic alterations in the RB pathway indicate prognostic outcomes of early-stage lung adenocarcinoma. Clinical Cancer Research (2015).
2. Ahn, S. M., Jang, S. J., Shim, J. H., Kim, D., ... Baek, D., ... Choi, S., ... Kim, J., Kim, S., ... Kong, G. Genomic portrait of resectable hepatocellular carcinomas: implications of RB1 and FGF19 aberrations for patient stratification. Hepatology (2014)