장혜식

조교수

장혜식 Hyeshik Chang

장혜식
연구분야
생물정보학 유전체학

새로운 측정 기술은 자연 현상을 더 세밀하고 넓게 관찰할 수 있게 하여 자연을 조금 더 이해할 수 있게 합니다. 우리 연구실에서는 주로 유전자 발현 조절 메커니즘의 기본 원리들을 더 잘 이해하는데 필요한 새로운 실험 기법과 데이터 분석 기법을 개발하고 있습니다. 또한, 개발된 기술을 응용하여 조절 메커니즘의 잘 알려지지 않았던 면들을 유전체, 전사체, 단백체 수준에서 살펴보고 있습니다.

최근 연구주제

1. 나노포어 RNA 직접 시퀀싱을 이용한 RNA 생활사 연구 

2세대 서열분석기들은 DNA의 Watson-Crick 상보성을 활용하기 때문에 분석할 수 있는 화학 구조에 한계가 있습니다. 최근에 널리 도입되기 시작한 나노포어 시퀀싱에서는 얇은 막에 뚫린 1 nm 정도 되는 구멍 사이로 DNA나 RNA를 통과시키면서 변화하는 전류를 분석합니다. 이 방법으로는 핵산의 화학적 변화를 관찰할 수 있고, 1000 nt가 넘는 아주 긴 서열도 한꺼번에 읽을 수 있습니다. 우리 연구실에서는 나노포어 RNA 직접 시퀀싱을 RNA대사 연구에 적용하기 위한 새로운 실험 기법과 분석 도구를 개발해서 RNA의 일생을 따라 RNA에 있는 여러 조절 요소들의 변화를 추적해서 전체 조절 과정을 재구성하는 것을 목표로 여러 기반 기술들을 개발하고 있습니다.

2. mRNA poly(A) 꼬리 측정법

mRNA 3’ 끝에 있는 poly(A) 꼬리는 길이와 추가적인 수식(유리딘화, 구아노신화)이 동적으로 조절되면서 mRNA의 발현을 조절합니다. Poly(A) 꼬리는 특유의 긴 반복 서열 때문에 대부분의 서열분석기에서 정상적인 길이를 측정하기 어렵고, 이 잡음 때문에 인접 서열도 분석이 어렵습니다. 우리 연구실에서는 전사체 수준의 poly(A) 연구에 적합한 2세대 서열분석기들을 활용하여 poly(A) 길이와 추가 서열을 분석하는 실험 기법과 분석 소프트웨어를 개발하고, 더 넓은 분야에 사용될 수 있도록 꾸준히 기능과 효율을 개선하고 있습니다.

학력/경력
학력
  • - 2009–2014 박사: 서울대학교 생명과학부
  • - 2007–2009 석사: KAIST 바이오및뇌공학과
  • - 1998–2007 학사: 연세대학교 기계전자공학부 (정보산업공학전공; 2001-2005 산업기능요원 복무)
경력
  • - 2019–현재 서울대학교 생명과학부 조교수
  • - 2018–현재 기초과학연구원 RNA연구단 연구위원
  • - 2014–2019 기초과학연구원 RNA연구단 연구조교수
  • - 2004–현재 파이썬소프트웨어재단(미국) 펠로우/커미터
  • - 2001–2005 리눅스코리아(주) 네트워크솔루션개발팀 개발자
주요논문
  1. H. Chang*, J. Yeo*, (co-first authors) J.-G. Kim, H. Kim, M. Lee, J. Lim, H. H. Kim, J. Ohk, H.-Y. Jeon, H. Lee, H. Jung, K.-W. Kim, and V. N. Kim. (2018) “Terminal uridylyltransferases execute programmed clearance of maternal transcriptome in vertebrate embryos.” Molecular Cell, 70:72–82.e7.
  2. J. Lim*, M. Ha*, H. Chang*, (co-first authors) S. C. Kwon, D. K. Simanshu, D. J. Patel, and V. N. Kim. (2014) “Uridylation by TUT4 and TUT7 marks mRNA for degradation.” Cell, 159(6):1365–1376.
  3. H. Chang*, J. Lim*, (co-first authors) M. Ha, and V. N. Kim. (2014) “TAIL-seq: genome-wide determination of poly(A) tail length and 3′ end modifications.” Molecular Cell, 53(6):1044–1052.
  4. M. Lee*, S. Han*, H. Chang*, (co-first authors) Y.-S. Kwak, D. M. Weller, and D. Kim. (2013) “FitSearch: a robust way to interpret a yeast fitness profile in terms of drug’s mode-of-action.” BMC Genomics, 14(Suppl 1):S6.
  5. J. Cho*, H. Chang*, (co-first authors) S. C. Kwon, B. Kim, Y. Kim, J. Choe, M. Ha, Y. K. Kim, and V. N. Kim. (2012) “LIN28A is a suppressor of ER-associated translation in embryonic stem cells.” Cell, 151(4):765–777.