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공동기기실 / Common Research Facility

  • 실 장 이원재 교수
  • 연락처 02-880-4009, 880-6676
  • 담당직원 손지아, 류현아
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본 공동기기실은 생명과학을 연구하는 모든 연구자에게 도움을 드리고자 운영하고 있으며,
최첨단장비와 운영체계를 구축하여 최상의 서비스를 제공하고자 합니다.


무균동물실 / SPF Animal Facility

  • 실 장 공영윤 교수
  • 연락처 02-880-6692 / 500동 B220호
  • 담당직원 임태우, 한주연
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본 무균동물실은 현대 생명과학의 주요 실험동물인 생쥐 연구를 위해 2007년도에 설립되었습니다.
본 무균동물실에서는 생쥐를 완벽한 SPF상태에서 최적의 조건으로 사육함으로써 국제수준의 연구수행을 가능하게 합니다.
특히 형질전환 생쥐를 대상으로하는 연구에 최적의 조건을 제공하고 있습니다.
MSRS소개
실험용 동물을 외부의 오염 될 수 있는 원인으로부터 완전 차단시키면서 pre필터,HEPA필터 및 Carbon필터로 여과된 공기배출 함으로 cage안의 환경을 청결하게 유지함과 동시에 연구자와 동물실 환경을 크게 향상시켜 오염으로 인한 변이를 최소화하도록 설계 제작된 장비라 합니다.

MSRS 특징
- 사육공간의 효율적 이용 및 사육환경 개선
- 오염원 확산을 억제 및 동물과 실험자의 보호
- Barrier 시설유지에 비해 유지(상호 교차오염 방지)

MSRS Mouse cage set 특징
내부와 외부 환경을 완벽하게 차단하여 동물과 연구자, 케이지 상호간의 교차오염을 방지시킬 수 있습니다.
공압 증기멸균이 가능하고 내열성 및 내약품성이 강한 무독성의 Ultem의 재질, MSRS의 본체와 분리시 자동 폐쇄 잠금 장치 설계

MSWS-100 소개
MSRS 장비 운영시 케이지 교환 및 깔짚 교체시 동물의 외부와의 교차오염을 방지하여 사용되는 장비
*특징 : 상호 오염 방지를 위한 클래스 100 레벨

단백체학지원실 / Proteomics Core Facility

  • 실 장 김종서 책임연구교수
  • 연락처 02-880-4434 / 504동 506호
  • 담당직원 주수미
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질량분석기 (mass spectrometry, MS)는 생물학 연구에 중심을 이루는 단백질을 동정하거나 변형부위를 밝혀낼 수 있을 뿐 아니라 높은 정확도로 정량할 수 있는 매우 중요한 분석장비입니다. 단백질 질량분석을 위해 단백질을 in-gel 혹은 in-solution 상태에서 트립신 효소로 가수분해하여 펩타이드로 만들고, 이 펩타이드를 액체크로마토그래피로 분리/농축하여 분석 감도를 높임과 동시에 질량분석기로on-line 검출하는 방식을 LC-MS based proteomics라고 합니다. 질량분석기는 펩타이드 (precursor ion)의 분자량을 측정한 후에, 그 펩타이드를 기체상에서 조각내어 그 조각들 (daughter ions)의 분자량을 측정합니다. 이렇게 함으로써 그 펩타이드의 서열 및 분자량에 대한 정보를 통해 단백질 시료가 속한 genome sequence에서 가장 신빙성 높은 펩타이드를 찾아내어 단백질을 동정하게 됩니다. 아래의 workflow에도 설명되어 있지만, 이러한 LC-MS 단백체학은 생물학, 분리분석화학, 질량분석학, 전산정보학이 모여 하나를 이루는 융합 학문입니다.

Workflow of proteomics research

현재 두 질량분석시스템으로 질량분석을 지원합니다. 생명과학부 재원인 Thermo LTQ MS는 coomassie-stainable gel 및 양적으로 충분한 시료에, IBS RNA연구단 재원인Thermo Q-Exactive MS는 silver-stained gel 및 양적으로 제한된 시료의 단백질 동정 및 변형분석에 사용합니다. 이들 질량분석기의 in-let장치인 나노액체크로마토그래피의 성능은 자체 제작된 첨단 모세관 컬럼의 힘으로 검출감도 및 검출폭 측면에서 세계적 그룹과 어깨를 나란히 하는 수준입니다.
생명과학부 연구실 지원에 우선 순위를 두지만 서울대 내의 다른 연구실의 단백질 분석을 지원합니다. 외부연구소와 기업체의 경우, 생명과학부 연구실 지원에 차질이 가지 않는 선에서 지원할 수 있습니다. 단백질 질량분석 의뢰는 김선아 지원팀장에게 문의해 주시기 바랍니다 (02-880-4434).
1. Thermo LTQ MS
2005년에 생명과학부 재원으로 도입된ion trap 방식의 탄뎀질량분석기입니다. Coomssie-stainable gel band 의 단백질 동정 및 변형분석에 활용됩니다. 이온화장치를 개량하였고, 고성능 나노액체크로마토그래피와 in-house packed 모세관 컬럼을 사용하여 성능을 대폭 향상시켰습니다.
2. Thermo Q-Exactive MS
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, quadrupole mass filter가 장착된 orbitrap 탄뎀질량분석기입니다. Orbitrap 고유의 장점인 질량스펙트럼의 분해능과 정확도가 매우 높을 뿐 아니라, 12 Hz의 빠른 HCD MS/MS가 가능하여 단백체학 연구 분야에서 기존 질량분석기보다 월등한 성능을 발휘합니다. 단순 단백질 동정을 위해 사용되기 보다는 systems biology 혹은 system-wide target discovery 연구, 그리고 SILAC 등의 quantitative proteomics를 위해 사용됩니다.
3. Agilent 6490 MS
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, triple quadrupole (QQQ) 방식의 탄뎀질량분석기입니다. 위의 두 질량분석기는 단백질의 동정 및 변형분석, 단백질 정량분석에 두루 사용되지만, 이 장비는 단백질의 정량분석에 특화된 장비로서 월등한 재현성과 검출감도를 보유하고 있습니다. 세포 내에 미량 존재하여 일반 질량분석기로는 검출하지 못하는 단백질을 한 차원 아래까지 검출할 수 있으며, 또 Western blot assay을 수행할 수 없는 단백질의 정량이 가능합니다.
4. Waters nanoAcquity
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, 질량분석기의 in-let으로 단백질의 펩타이드를 고분해능으로 분리/농축하여 질량분석 감도를 높이는 역할을 담당합니다. 10,000 psi (690 bar)의 고압으로 이동상을 nanoflow 유속 (수백 nL/mn)으로 밀어주며, 분리의 재현성이 매우 뛰어난 장비입니다.
5. Thermo Ultimate RSLCnano
2014년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, 질량분석기의 in-let으로 사용되며 단백질의 펩타이드를 고분해능으로 분리/농축하여 질량분석 감도를 높이는 역할을 담당합니다. 14,500 psi (1,000 bar)의 초고압으로 이동상을 nanoflow 유속 (수백 nL/mn)으로 밀어줄 수 있어, sub 2 µm 충진물로 제작된 50 cm 이상의 초고성능 모세관 컬럼을 사용하는데 사용됩니다.
6. Agilent 1290 UPLC
18,000 psi (1,240 bar) 의 초고압으로 이동상을 capillary flow 에서 micro flow까지 흘려줄 수 있으며, DAD UV 검출기와 fraction collector를 겸비하여 고분해능으로 펩타이드를 fractionation하는데 주로 활용됩니다. Agilent 6490 MS의 in-let으로 사용되기도 합니다.
7. Customized capillary column packing system
20,000 psi의 초고압을 지원하는 ISCO syringe pump를 기반으로 자체 모세관 컬럼 충진시스템을 구축하였습니다. 초고성능 모세관 컬럼을 자체 제작하여 질량분석 지원에 활용하고 있습니다.

생체고분자결정학연구실 / Macromolecular Crystallography Laboratory

  • 실 장 우재성 연구교수
  • 연락처 02-880-6278 / 504동 501호
  • 담당직원 신은혜, 최연길
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본 연구실은 IBS RNA 연구단 소속의 연구실로서 RNA 결합 단백질을 포함한 다양한 생체고분자 복합체의 구조를 규명하고, 작용 메커니즘을 밝히는 연구들을 진행하고 있습니다. 기본적으로 재조합 단백질을 생산하여 정제하고 결정화한 후 X-선 결정학 방법으로 구조를 해석합니다. 연구실에는 박테리아, 곤충세포, 동물세포 발현 시스템을 갖추고 있으며, 주로 동물세포 발현 시스템을 활용하여 지금까지 타 시스템에서 발현과 정제가 어려웠던 단백질들을 생산하고 있습니다. 더 복잡한 발현시스템을 이용하는 만큼 소량의 세포 배양, 소량의 단백질 시료만으로도 많은 데이터를 얻을 수 있도록 형광 HPLC 기기와 단백질 결정화 스크리닝 로봇 등을 갖추었고, 이에 맞는 효율적인 실험 과정과 방법들도 개발하고 있습니다.
1. 단백질 결정화 로봇 모스키토
단백질의 결정화 조건을 찾기 위해 통상 수백에서 수천의 용액 조건들이 시험된다. 본 장비는 96개의 다른 용액과 단백질 샘플을 섞는 작업을 수 분 안에 해 낼 수 있다. 또한 최소 50 nL 단위로 농축된 단백질 샘플을 분주할 수 있으므로 단백질 과발현과 정제의 수고와 비용을 덜 수 있다.
2. 등온 적정 열량계
생체고분자의 기능을 이해하기 위해, 또는 생체고분자 복합체의 결정화를 위해 분자간 결합력을 아는 것이 많은 도움이 되며 때로는 필수적이기도 하다. 등온적정열량계는 대개의 생물학적으로 의미 있는 결합이 일어나는 결합력의 범위인 10-4M 에서 10-9M 단위의 해리 상수 (dissociation constant)를 정확하게 측정하는데 있어 가장 신뢰도가 높은 장비로 알려져 있다. 이에 더해서 반응 엔탈피와 엔트로피를 알 수 있으며, 결합 비율과 결합 모델을 유추해 낼 수 있다.
3. 고성능 형광 액체 크로마토그래피
고압을 요구하는 다양한 크로마토그래피를 통한 단백질의 정성, 정량 분석 및 정제가 가능한 장비이며, UV/Vis 검출기뿐 아니라 형광 검출기가 함께 장착되어 있다. 형광단백질에 연결된 상태로 발현되는 재조합 단백질은, 정제할 필요 없이 다양한 크로마토그래피에서 나타나는 특성을 측정할 수가 있으므로 구조 연구에 적합한 단백질 동족체 또는 컨스트럭트를 찾는데 효율적일 뿐 아니라 짧은 시간 안에 단백질의 성격을 이해하는데 많은 도움을 준다.
4. 고성능 액체 크로마토그래피
고압을 요구하는 다양한 크로마토그래피를 통해 대량의 단백질을 분리, 정제 할 때 사용하는 장비로, UV/Vis Detector, fraction collector가 장착되어 있다.
5. 형광 현미경 (EVOS fl)
고성능의 형광현미경으로 형광물질을 통한 세포 배양 및 세포 내 단백질 발현의 양, 위치 관찰 시 사용된다. 또한, 넓은 화면과 고해상도 디지털카메라가 장착되어 있어 이미지 촬영이 용이하다.

생물정보학지원실 / Bioinformatics Core

  • 실 장 조동연 Director of Bioinformatics Core
  • 연락처 02-880-4442 / 504-429
  • 담당직원 신은혜, 최연길
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생물정보학 지원실에서는 여러분들의 연구에 필요로 하는 생물정보학 데이터 분석 서비스를 지원해 드립니다. 지원실에서 지원해 드리는 분석 서비스로 차세대 시퀀싱 데이터 분석 서비스와 마이크로 어레이 데이터 분석 서비스, 그 외의 기본적인 생물정보학 데이터 분석 서비스를 제공하고 있습니다.

지원실에서 보유하고 있는 분석장비로는 고용량 데이터 처리에 적합한 16 cores를 탑재한 Intel Xeon E5-2690 (2.90GHz) 서버와 384GB memory, 3TB internal, 그리고 72TB external storage를 보유하고 있습니다.

학부 공동 식물 배양 시설 / Plant Growth Facility

  • 실 장 이일하 교수
  • 연락처 502-622호
  • 담당직원 신영미
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온실과 지하 공동 배양실로 이루어져있는 생명과학부 공동 식물배양 시설에서는 사계절 최적화된 식물 생장 환경과 공간을 제공함으로써 학부의 연구와 교육활동을 지원하고자 합니다.
• 온실
2014년 완공된 학부 온실은 502동 옥상에 위치하고 있으며 건평 100여평 규모로 2개의 범용 생육실과 1개의 벼 전용 생육실의 3개 세부공간으로 이루어져 있습니다. 각 실은 자동 온/습도 조절,측창/ 천창 자동 개폐, 차광/보온커튼 자동 개폐 장치 등으로 설비되어 이용되고 있습니다.
• 지하 공동 배양실
502동 지하에 위치하고 있는 공동 배양실로 애기장대 연구를 위한 장일, 단일 광 조건의 두 실로 분리되어 이용되고 있습니다.
자세한 사항은 epple112@snu.ac.kr로 문의 바랍니다.