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우리 연구실에서 근접표지 질량분석으로 근육 조직 특이적 분비단백체를 동정/발굴하였고 이 후보들 중에 Serpina1e의 인지 향상 기능을 뇌연구원 박형주 박사님 팀에서 마우스 행동실험 등으로 면밀히 규명한 연구입니다. 타겟 분비단백질이 혈액에 희석된 악조건에서도 고도의 단백체 분석기술로 인해 타겟단백질을 발굴 및 정량함으로써 장기-장기 간 커뮤니케이션 연구가 가능함을 보였다는 점에서 고도화된 단백체 분석기술의 중요성을 보여주는 연구결과라고 생각합니다. | Nature Communications 논문 게재 (2026.04.09)

스탠드업테라퓨티스와 우리 연구실(나용우 박사)의 협업으로 진행한 연구가 Advanced Science지에 게재되었습니다. 스탠드업테라퓨티스가 주도한 본 연구에서 우리 연구실의 단백체 기반 스크리닝이 핵심 인자 규명에 결정적 역할을 하였으며, 이러한 긴밀한 협업으로 인해 임상적 성과의 문턱까지 속도를 높였다는 점에서 의미가 크다 할 수 있겠습니다. | Advanced Science 논문 게재 (2026.03.09)

본 논문은 전사가 거의 일어나지 않는 동물 발생 초기 단계의 전사후 유전자 조절 기전에 대해 연구한 논문으로, 고시간분해능 조건에서 RNA시퀀싱과 질량분석에 의한 총 단백체변화, 유비퀴틴화, RNA결합단백체에 이르기까지 폭넓게 그 정량적 변화를 최초로 보고했습니다. 그 결과, Pcid2, Sym, Cpsf73을 포함한 200개 이상의 단백질에 대해 순 단백질 발현 변화 없이 RNA결합이 조절될 수 있음과 전사 후 조절되는 단백질 발현 수준의 변화가 매우 역동적인 형태로 발생할 수 있음을 밝혔습니다. | iScience 논문 게재 (2025.9.19)

저희 연구실은 화학부 이현우 교수님 팀과의 공동연구를 통해 미토콘드리아 막 사이 공간의 크리스타 내강 단백체를 질량분석법 방법으로 프로파일링하는데 성공하였습니다. 이 세포내공간은 주변부 공간과 단백체 수준에서 구분할 방법이 없었기에 이 공간 특이적인 단백체의 세포내 역할을 연구하기 어려웠는데, 본 연구진의 초고해상도 근접분자 표지 기술인 ICAX 기술로 인해 미토콘드리아 크리스타 내강 단백체들의 세포내 기능이 하나하나 밝혀질 것이 기대됩니다. | Nature Communications 논문 게재 (2025.08.20)

오랜만에 찾아 읽어보니 새롭네요. 자연대 신임교수 인터뷰 내용을 랩 홈페이지에 실어봅니다.

김종서 교수가 분에 넘치게도 2025년 자연대 교육상을 수상하였습니다.

2018년-2021년 3년동안 우리 연구실에서 동고동락한 배종우 박사(김빛내리 교수님 지도)가 RNA-protein interaction에 대한 질량분석법 개발 연구를 토대로 생명과학부 최우등논문상을 수상하며 졸업하게 되었습니다. 심히 축하합니다.

저희 연구실은 화학부 이현우 교수님 팀과의 공동연구를 통해 마우스 모델에서 조직 특이적인 미토콘드리아 단백체를 프로파일링하였으며, RTN4IP1(OPA10)이 기질에 위치한 단백질임을 규명함과 동시에 코엔자임 Q 합성 경로에서 매우 중대한 역할을 수행함을 지질대사체 질량분석, 생화학 반응 및 초파리 모델을 통해 구체적으로 규명하였습니다. 이번 연구는 인체내 CoQ 부족으로 인해 발생하는 질병의 치료법 개발로 이어질 수 있는 새로운 연구 방향성을 제시할 것으로 기대됩니다 | Nature Chemical Biology 논문 게재 (2023.10.27)

김종서 교수가 "단백질-핵산 상호작용의 네트워크 매핑을 위한 차세대 질량분석플랫폼 개발" 이라는 주제로 2021년 서울대 창의선도신진연구자로 선정되었습니다.

저희 연구실에서 RNA-단백질간 동적 상호작용을 핵산염기별로 단일 아미노산 수준의 고해상도로 분석하는 신기술을 개발했습니다. 유전자 발현에 중요한 RNA-단백질간의 결합의 원리 규명에 기여할 것이 기대됩니다 | Nature Communications 논문 게재 (2021.10.15)