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Common Research Facility

  • Head Professor Lee, Won-Jae
  • Contact +82-2-880-6676, 4009 / 501-308
  • Staff Son jia, Ryu Hyeona
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The purpose of this common equipment room is to help those who are doing research on life science.
We are here to provide best quality services by maintaining up-to-date equipment and establishing an efficient operating system.


SPF Animal Facility

  • Head Professor Kong, Young-Yun
  • Contact +82-2-880-6692 / 500-B220
  • Staff Im Taewoo, Baek Seungyoon, Gong Pilhyun
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This Specific Pathogen Free (SPF) facility has been established in 2007 to support experiments on mice, which is the major animal being used in modern biological science research.

Our SPF facility houses mice at a perfectly specific pathogen free condition, therefore allowing world standard research. In particular, we provide the best environment for researches involving transgenic mice

MSRS Description
We provide complete physical barriers for laboratory animals to any types of contaminants. We have implemented newly developed technologies such as pre-filters, HEPA filters, and carbon filters to keep the air inside the cage as clean and sterile as possible, while minimizing emergence of mutations arising from contamination.

Features of MSRS
- Promotes efficient use of space and improvement of breeding environment
- Suppresses dispersion of origin of contamination and protects researchers and lab animals
- Prevents cross contamination by providing barriers

Features of MSRS Mouse cage set
Prevents cross contamination between the researcher and animals by completely separating the inner and outer environments.
Compatible with pneumatic steam sterilization. Made with nontoxic Ultem material that has resistance to heat and chemicals. An automatic door lock system will activate when the cage set is isolated from the body of MSRS.

MSWF-100 Description
This equipment prevents cross contamination that frequently occurs during cage exchange and litter replacement

Proteomics Core Facility

  • Head Research assistant professor Jong-Seo Kim
  • Contact +82-2-880-4434 / 504-506
  • Staff Ju Soomi
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질량분석기 (mass spectrometry, MS)는 생물학 연구에 중심을 이루는 단백질을 동정하거나 변형부위를 밝혀낼 수 있을 뿐 아니라 높은 정확도로 정량할 수 있는 매우 중요한 분석장비입니다. 단백질 질량분석을 위해 단백질을 in-gel 혹은 in-solution 상태에서 트립신 효소로 가수분해하여 펩타이드로 만들고, 이 펩타이드를 액체크로마토그래피로 분리/농축하여 분석 감도를 높임과 동시에 질량분석기로on-line 검출하는 방식을 LC-MS based proteomics라고 합니다. 질량분석기는 펩타이드 (precursor ion)의 분자량을 측정한 후에, 그 펩타이드를 기체상에서 조각내어 그 조각들 (daughter ions)의 분자량을 측정합니다. 이렇게 함으로써 그 펩타이드의 서열 및 분자량에 대한 정보를 통해 단백질 시료가 속한 genome sequence에서 가장 신빙성 높은 펩타이드를 찾아내어 단백질을 동정하게 됩니다. 아래의 workflow에도 설명되어 있지만, 이러한 LC-MS 단백체학은 생물학, 분리분석화학, 질량분석학, 전산정보학이 모여 하나를 이루는 융합 학문입니다.

Workflow of proteomics research

현재 두 질량분석시스템으로 질량분석을 지원합니다. 생명과학부 재원인 Thermo LTQ MS는 coomassie-stainable gel 및 양적으로 충분한 시료에, IBS RNA연구단 재원인Thermo Q-Exactive MS는 silver-stained gel 및 양적으로 제한된 시료의 단백질 동정 및 변형분석에 사용합니다. 이들 질량분석기의 in-let장치인 나노액체크로마토그래피의 성능은 자체 제작된 첨단 모세관 컬럼의 힘으로 검출감도 및 검출폭 측면에서 세계적 그룹과 어깨를 나란히 하는 수준입니다.
생명과학부 연구실 지원에 우선 순위를 두지만 서울대 내의 다른 연구실의 단백질 분석을 지원합니다. 외부연구소와 기업체의 경우, 생명과학부 연구실 지원에 차질이 가지 않는 선에서 지원할 수 있습니다. 단백질 질량분석 의뢰는 김선아 지원팀장에게 문의해 주시기 바랍니다 (02-880-4434).
1. Thermo LTQ MS
2005년에 생명과학부 재원으로 도입된ion trap 방식의 탄뎀질량분석기입니다. Coomssie-stainable gel band 의 단백질 동정 및 변형분석에 활용됩니다. 이온화장치를 개량하였고, 고성능 나노액체크로마토그래피와 in-house packed 모세관 컬럼을 사용하여 성능을 대폭 향상시켰습니다.
2. Thermo Q-Exactive MS
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, quadrupole mass filter가 장착된 orbitrap 탄뎀질량분석기입니다. Orbitrap 고유의 장점인 질량스펙트럼의 분해능과 정확도가 매우 높을 뿐 아니라, 12 Hz의 빠른 HCD MS/MS가 가능하여 단백체학 연구 분야에서 기존 질량분석기보다 월등한 성능을 발휘합니다. 단순 단백질 동정을 위해 사용되기 보다는 systems biology 혹은 system-wide target discovery 연구, 그리고 SILAC 등의 quantitative proteomics를 위해 사용됩니다.
3. Agilent 6490 MS
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, triple quadrupole (QQQ) 방식의 탄뎀질량분석기입니다. 위의 두 질량분석기는 단백질의 동정 및 변형분석, 단백질 정량분석에 두루 사용되지만, 이 장비는 단백질의 정량분석에 특화된 장비로서 월등한 재현성과 검출감도를 보유하고 있습니다. 세포 내에 미량 존재하여 일반 질량분석기로는 검출하지 못하는 단백질을 한 차원 아래까지 검출할 수 있으며, 또 Western blot assay을 수행할 수 없는 단백질의 정량이 가능합니다.
4. Waters nanoAcquity
2013년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, 질량분석기의 in-let으로 단백질의 펩타이드를 고분해능으로 분리/농축하여 질량분석 감도를 높이는 역할을 담당합니다. 10,000 psi (690 bar)의 고압으로 이동상을 nanoflow 유속 (수백 nL/mn)으로 밀어주며, 분리의 재현성이 매우 뛰어난 장비입니다.
5. Thermo Ultimate RSLCnano
2014년에 IBS RNA연구단의 재원으로 도입된 장비로, 질량분석기의 in-let으로 사용되며 단백질의 펩타이드를 고분해능으로 분리/농축하여 질량분석 감도를 높이는 역할을 담당합니다. 14,500 psi (1,000 bar)의 초고압으로 이동상을 nanoflow 유속 (수백 nL/mn)으로 밀어줄 수 있어, sub 2 µm 충진물로 제작된 50 cm 이상의 초고성능 모세관 컬럼을 사용하는데 사용됩니다.
6. Agilent 1290 UPLC
18,000 psi (1,240 bar) 의 초고압으로 이동상을 capillary flow 에서 micro flow까지 흘려줄 수 있으며, DAD UV 검출기와 fraction collector를 겸비하여 고분해능으로 펩타이드를 fractionation하는데 주로 활용됩니다. Agilent 6490 MS의 in-let으로 사용되기도 합니다.
7. Customized capillary column packing system
20,000 psi의 초고압을 지원하는 ISCO syringe pump를 기반으로 자체 모세관 컬럼 충진시스템을 구축하였습니다. 초고성능 모세관 컬럼을 자체 제작하여 질량분석 지원에 활용하고 있습니다.

Macromolecular Crystallography Laboratory

  • Head Research fellow Woo, Jae Sung
  • Contact +82-2-880-6278 / 504-501
  • Staff Shin Eun hye, Choi Yeon gil
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본 연구실은 IBS RNA 연구단 소속의 연구실로서 RNA 결합 단백질을 포함한 다양한 생체고분자 복합체의 구조를 규명하고, 작용 메커니즘을 밝히는 연구들을 진행하고 있습니다. 기본적으로 재조합 단백질을 생산하여 정제하고 결정화한 후 X-선 결정학 방법으로 구조를 해석합니다. 연구실에는 박테리아, 곤충세포, 동물세포 발현 시스템을 갖추고 있으며, 주로 동물세포 발현 시스템을 활용하여 지금까지 타 시스템에서 발현과 정제가 어려웠던 단백질들을 생산하고 있습니다. 더 복잡한 발현시스템을 이용하는 만큼 소량의 세포 배양, 소량의 단백질 시료만으로도 많은 데이터를 얻을 수 있도록 형광 HPLC 기기와 단백질 결정화 스크리닝 로봇 등을 갖추었고, 이에 맞는 효율적인 실험 과정과 방법들도 개발하고 있습니다.
1. 단백질 결정화 로봇 모스키토
단백질의 결정화 조건을 찾기 위해 통상 수백에서 수천의 용액 조건들이 시험된다. 본 장비는 96개의 다른 용액과 단백질 샘플을 섞는 작업을 수 분 안에 해 낼 수 있다. 또한 최소 50 nL 단위로 농축된 단백질 샘플을 분주할 수 있으므로 단백질 과발현과 정제의 수고와 비용을 덜 수 있다.
2. 등온 적정 열량계
생체고분자의 기능을 이해하기 위해, 또는 생체고분자 복합체의 결정화를 위해 분자간 결합력을 아는 것이 많은 도움이 되며 때로는 필수적이기도 하다. 등온적정열량계는 대개의 생물학적으로 의미 있는 결합이 일어나는 결합력의 범위인 10-4M 에서 10-9M 단위의 해리 상수 (dissociation constant)를 정확하게 측정하는데 있어 가장 신뢰도가 높은 장비로 알려져 있다. 이에 더해서 반응 엔탈피와 엔트로피를 알 수 있으며, 결합 비율과 결합 모델을 유추해 낼 수 있다.
3. 고성능 형광 액체 크로마토그래피
고압을 요구하는 다양한 크로마토그래피를 통한 단백질의 정성, 정량 분석 및 정제가 가능한 장비이며, UV/Vis 검출기뿐 아니라 형광 검출기가 함께 장착되어 있다. 형광단백질에 연결된 상태로 발현되는 재조합 단백질은, 정제할 필요 없이 다양한 크로마토그래피에서 나타나는 특성을 측정할 수가 있으므로 구조 연구에 적합한 단백질 동족체 또는 컨스트럭트를 찾는데 효율적일 뿐 아니라 짧은 시간 안에 단백질의 성격을 이해하는데 많은 도움을 준다.
4. 고성능 액체 크로마토그래피
고압을 요구하는 다양한 크로마토그래피를 통해 대량의 단백질을 분리, 정제 할 때 사용하는 장비로, UV/Vis Detector, fraction collector가 장착되어 있다.
5. 형광 현미경 (EVOS fl)
고성능의 형광현미경으로 형광물질을 통한 세포 배양 및 세포 내 단백질 발현의 양, 위치 관찰 시 사용된다. 또한, 넓은 화면과 고해상도 디지털카메라가 장착되어 있어 이미지 촬영이 용이하다.

Bioinformatics Core

  • Head Cho, Dongyeon
  • Contact 02-880-4442 / 504-429
  • Staff Shin Eunhye, Choi Yeongil
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The Bioinformatics core facility of the School of Biological Sciences at SNU provides state-of-the-art service to analyze high-throughput genomics data generated from Next Generation Sequencing (NGS) including RNA-seq, sRNA-seq, and ChIP-seq data. In addition to NGS data analysis, we also provide services to analyze microarray and other informatics & statistics data.

Our core maintains high performance computational servers suitable for large-scale data analysis such as NGS and microarray data (Intel Xeon E5-2690 (2.90GHz) server with 384GB memory, 3TB internal and 72TB external storage space). For more detail information of bioinformatics core facility, please visit our website.

Plant Growth Facility

  • Head Professor Lee, Ilha
  • Contact 502-622
  • Staff Shin, Youngmi
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The Goal of the Plant Growth Facility of the School of Biological Sciences is to achieve optimum plant growth environment through the entire year and provide excellent facilities in support of research and education.
Specific facility components include :
• Greenhouse
newly built in Aug. 2014 , located on the rooftop of 502 building, total approximately 330m2 , consists of 3 units; two units for multi-purpose and one for rice only, equipped with the automatic control systems such as temperature/humidity control, window/insulating curtain control, etc.
• Plant growth room
located on the basement floor (502-B201) , approximately 33m2 , divided into 2units; each for long day conditions and short day conditions for Arabidopsis research.
For more information please email: epple112@snu.ac.kr